دوره آموزش بیوانفورماتیک سیستم‌ها: از شبکه‌های پروتئینی تا تنظیم میکروآرنا
چرا این دوره؟ چرا الان؟
تصور کن داده‌های خام ریزآرایه یا RNA-Seq رو گرفتی و یه لیست بلندبالا از ژن‌های با بیان متفاوت داری. حالا چی؟ ترسیم یه شبکه ساده که کار خاصی نمی‌کنه. هنر اصلی اینه که از دل این پیچیدگی، معنا بی...
دوره آموزش بیوانفورماتیک سیستم‌ها: از شبکه‌های پروتئینی تا تنظیم میکروآرنا
چرا این دوره؟ چرا الان؟
تصور کن داده‌های خام ریزآرایه یا RNA-Seq رو گرفتی و یه لیست بلندبالا از ژن‌های با بیان متفاوت داری. حالا چی؟ ترسیم یه شبکه ساده که کار خاصی نمی‌کنه. هنر اصلی اینه که از دل این پیچیدگی، معنا بیرون بکشی. اینجاست که تحلیل شبکه‌های پروتئین-پروتئین (PPI) و میکروآرنا (miRNA) وارد می‌شه. دقیقاً همون حلقه‌ی گم‌شده‌ای که خیلی از پژوهشگران علوم زیستی برای ارتقای مقاله و پایان‌نامه‌شون بهش نیاز دارن.
چی یاد می‌گیری؟ (سرفصل‌های کلیدی)
این دوره از کلی‌گویی فاصله گرفته. قرار نیست فقط تئوری بشنوی. هدف اینه که بعد از تموم شدن دوره، بتونی داده خام خودت رو به تصاویر و نمودارهای استاندارد برای چاپ در ژورنال‌های معتبر (Publication-Quality) تبدیل کنی.
بخش اول: تحلیل شبکه‌های پروتئینی (PPI) و توپولوژی شبکه
رمزگشایی نقشه‌های پیچیده سلولی و شناسایی مسیرهای سیگنالی بیماری‌زا
کشف کاندیداهای دارویی جدید از دل شبکه‌های برهم‌کنش
کار با دیتابیس STRING و استاندارد جهانی Cytoscape
استفاده از پلاگین‌های حیاتی مثل MCODE و CytoHubba برای پیدا کردن ژن‌های هاب (Hub Genes)
بخش دوم: لایه تنظیمی — از ژن‌های با تفاوت بیان تا شبکه‌های میکروآرنا (miRNA-mRNA)
مدل‌سازی برهم‌کنش‌های تنظیمی بین miRNA و ژن‌های هدف
کار با ابزار miRWalk برای پیش‌بینی و تحلیل
اضافه کردن یه لایه جدید از پیچیدگی و جذابیت به تحلیل‌های قبلی‌ت
این دوره چطور به کارت میاد؟
ببین، فرض کن داری روی یه پروژه سرطان کار می‌کنی. یه لیست از ژن‌های تغییر بیان یافته داری. با تحلیل شبکه PPI می‌تونی بفهمی کدوم ژن‌ها نقش کلیدی‌تر دارن و مسیرهای سیگنالینگ پشت پرده بیماری چیه. بعد با اضافه کردن داده‌های miRNA، یه تصویر کامل‌تر از مکانیسم مولکولی به دست میاری. این دقیقاً همون چیزیه که داورهای ژورنال دنبالشن و سطح مقاله‌ت رو چند پله ارتقا می‌ده.
این دوره برای کی مناسب‌ست؟
دانشجویان ارشد و دکتری رشته‌های زیست‌شناسی، بیوتکنولوژی، بیوانفورماتیک و علوم پزشکی
پژوهشگرانی که می‌خوان تحلیل‌های شبکه‌ای رو به پروژه‌هاشون اضافه کنن
هر کسی که می‌خواد از لیست‌های طولانی ژن به ماژول‌های عملکردی و مسیرهای سیگنالینگ حیاتی برسه
مشخصات دوره
ویژگی
جزئیات
عنوان
آموزش جامع بیوانفورماتیک سیستم‌ها: تحلیل شبکه‌های پروتئینی (PPI) و میکروآرنا (miRNA) با Cytoscape
فصل اول
ورود به دنیای شبکه‌های پروتئینی و توپولوژی شبکه — ۸ جلسه (۰۱:۰۷ ساعت)
فصل دوم
از ژن‌های با تفاوت بیان تا شبکه‌های میکروآرنا — ۸ جلسه (۰۱:۳۰ ساعت)
سطح
کاربردی و پروژه‌محور
گواهینامه
دارد 📜
وضعیت قیمت
تخفیف ویژه
یه نکته کاربردی
خیلی‌ها فکر می‌کنن Cytoscape فقط یه نرم‌افزار ترسیم شبکه‌ست. ولی در واقع یه محیط کامل برای تحلیل توپولوژی شبکه‌ست. مثلاً با CytoHubba می‌تونی بر اساس معیارهای مختلف مثل Degree، Betweenness و Closeness ژن‌های هاب رو شناسایی کنی. این یعنی از یه شبکه شلوغ و درهم، چند ژن کلیدی رو بیرون می‌کشی که می‌تونن هدف بعدی آزمایش‌های wet lab باشن. همین یه تکنیک می‌تونه کل مسیر تحقیقاتیت رو عوض کنه.
سوالات متداول
آیا نیاز به دانش برنامه‌نویسی دارم؟
نه لزوماً. ابزارهایی مثل Cytoscape و STRING محیط گرافیکی دارن و کار باهاشون راحته. البته آشنایی مقدماتی با مفاهیم بیوانفورماتیک کمک‌کننده‌ست.
این دوره برای پایان‌نامه من مناسبه؟
اگه موضوعت به تحلیل داده‌های بیان ژن، شبکه‌های برهم‌کنش پروتئینی یا تنظیم miRNA مرتبطه، قطعاً. بخش عملی دوره دقیقاً همون مهارت‌هایی رو پوشش می‌ده که برای فصل نتایج پایان‌نامه بهش نیاز داری.
تفاوت این دوره با سایر دوره‌های بیوانفورماتیک چیه؟
تمرکز روی کاربرد عملی و خروجی قابل چاپ در ژورنال. از مقدمات عبور می‌کنه و مستقیم می‌ره سراغ مهارت‌هایی که برای مقالات ISI لازمه. الان هم با تخفیف ویژه ارائه می‌شه که فرصت خوبیه برای شروع.
تحلیل شبکه‌های پروتئینی و میکروآرنا با Cytoscape؛ ثبت‌نام با تخفیف
