آموزش داکینگ مولکولی با AutoDock Vina | رویکرد بالینی و پروژه‌محور
درباره این دوره
تصور کن می‌خوای اثر یک دارو روی یک پروتئین خاص رو پیش‌بینی کنی، ولی نه در آزمایشگاه فیزیکی — بلکه روی لپ‌تاپ خودت. این دقیقاً همون کاریه که توی این دوره یاد می‌گیری. ما از تئوری‌های بالینی فراتر می‌ریم و وارد...
آموزش داکینگ مولکولی با AutoDock Vina | رویکرد بالینی و پروژه‌محور
درباره این دوره
تصور کن می‌خوای اثر یک دارو روی یک پروتئین خاص رو پیش‌بینی کنی، ولی نه در آزمایشگاه فیزیکی — بلکه روی لپ‌تاپ خودت. این دقیقاً همون کاریه که توی این دوره یاد می‌گیری. ما از تئوری‌های بالینی فراتر می‌ریم و وارد یک آزمایشگاه دیجیتال می‌شیم. قراره با یکی از قدرتمندترین ابزارهای بیوانفورماتیک، یعنی AutoDock Vina، فرضیه‌های طراحی دارو رو به‌صورت عملی شبیه‌سازی، تحلیل و ارزیابی کنیم.
این دوره فقط یه سری ویدیوی آموزشی نیست. بیشتر شبیه یک نقشه راه کامله برای اجرای یک پروژه تحقیقاتی واقعی از صفر تا صد. با هم یک پروژه عملی تعریف می‌کنیم — داکینگ داروی Praziquantel به پروتئین هدف 1GTA — و همه چالش‌های مسیر رو قدم‌به‌قدم حل می‌کنیم؛ از آماده‌سازی مولکول‌ها گرفته تا اجرای دستورات در کامند لاین و در نهایت خلق دیاگرام‌های حرفه‌ای و قابل انتشار.
اگه دانشجوی داروسازی، بیوتکنولوژی یا زیست‌شناسی هستی و می‌خوای مکانیسم عمل داروها رو عمیق‌تر بفهمی، این دوره دقیقاً همون قدم بعدیه. با یادگیری تکنیک‌های پیشرفته داکینگ می‌تونی ارتباط بین مولکول‌ها و اهداف زیستی رو کشف کنی و تحقیقاتت رو به سطح حرفه‌ای‌تری ببری. 🧬
این دوره برای همه دانشجویان، محققان و علاقه‌مندانی طراحی شده که می‌خوان از سطح تئوری فراتر برن و مهارت‌های عملی و محاسباتی به‌دست بیارن:
دانشجویان داروسازی، بیوتکنولوژی و زیست‌شناسی که دنبال درک مکانیسم عمل داروها هستن
پژوهشگران حوزه طراحی دارو و شیمی دارویی که به ابزاری برای غربالگری ترکیبات نیاز دارن
متخصصان بیوانفورماتیک و شیمی محاسباتی که می‌خوان بر ابزارهای استاندارد صنعتی مسلط بشن
شرکت‌کنندگان دوره دراگ ریپورپوزینگ بالینی که آماده‌ان فرضیه‌هاشون رو به مرحله اعتبارسنجی محاسباتی برسونن
سفر یادگیری در ۵ بخش
مسیر پیچیده داکینگ رو به ۵ بخش شفاف و منطقی تقسیم کردیم:
بخش اول: هر آنچه برای یک پروژه موفق باید بدانید
قبل از روشن کردن موتور، نقشه راه رو بررسی می‌کنیم. با استراتژی‌های کلیدی طراحی دارو (ساختارمحور و لیگاندمحور) و جعبه‌ابزار یک طراح دارو آشنا می‌شیم؛ از پایگاه‌های داده PDB و PubChem گرفته تا ابزارهای نوین مدل‌سازی مثل AlphaFold.
بخش دوم: راه‌اندازی آزمایشگاه دیجیتال
یکی از بزرگ‌ترین موانع رو از سر راه برمی‌داریم: نصب و راه‌اندازی تمام نرم‌افزارهای ضروری. از AutoDock Vina و MGLTools تا Discovery Studio و LigPlot+ — یک آزمایشگاه کامل و آماده به کار خواهی داشت.
بخش سوم: داکینگ مولکولی در عمل (قلب تپنده دوره)
اینجا آستین‌ها رو بالا می‌زنیم و گام‌به‌گام در یک پروژه واقعی پیش می‌ریم:
- لیگاند و پروتئین رو دانلود و آماده‌سازی می‌کنیم
- رازهای فنی رو فاش می‌کنیم: چرا باید فرمت‌ها به PDBqt تبدیل بشن؟ تفاوت بارهای Gasteiger و Kollman چیه؟ چرا اسپیسینگ گرید باکس در Vina باید 1.0Å باشه، نه 0.375Å که در مقالات قدیمی می‌بینی؟
- فایل کانفیگ رو می‌نویسیم و فرمان نهایی رو در CMD اجرا می‌کنیم
- نتایج خام رو به دست میاریم، اسپلیت می‌کنیم و بهترین حالت اتصال رو برای تحلیل‌های بعدی استخراج می‌کنیم
بخش چهارم: آماده‌سازی برای پرده آخر
یک مرحله کوتاه اما حیاتی که اغلب نادیده گرفته می‌شه. یاد می‌گیریم چطور پروتئین و بهترین حالت لیگاند رو در Discovery Studio به هم بچسبونیم و یک فایل کمپلکس واحد بسازیم — کلید ورود به نرم‌افزارهای تحلیلی.
بخش پنجم: هنر تحلیل داکینگ و داستان‌پردازی علمی
در پرده آخر به یک هنرمند علمی تبدیل می‌شیم. با LigPlot+، نرم‌افزار استاندارد طلایی در مقالات، نتایج پیچیده رو به دیاگرام‌های دوبعدی واضح و زیبا تبدیل می‌کنیم. یاد می‌گیریم پیوندهای هیدروژنی و برهم‌کنش‌های آبگریز رو شناسایی کنیم و داستان برهم‌کنش مولکولی رو به شکلی حرفه‌ای و قابل دفاع روایت کنیم.
بعد از گذراندن این دوره چه کارهایی می‌تونی انجام بدی؟
یک پروژه کامل داکینگ مولکولی رو از ایده تا تحلیل نهایی مدیریت کنی
بر مجموعه نرم‌افزارهای کلیدی حوزه طراحی دارو مسلط بشی
خطاهای رایج در فرآیند داکینگ رو شناسایی و رفع کنی
نتایج شبیه‌سازی رو به‌صورت علمی و معتبر تفسیر کنی
خروجی‌های استاندارد و باکیفیت برای مقالات، پوسترها و پایان‌نامه تولید کنی
یک مثال ملموس از کاربرد واقعی
فرض کن استادت ازت می‌خواد برای پروژه پایان‌نامه، اثر یک ترکیب جدید رو روی یک آنزیم خاص بررسی کنی. به‌جای ماه‌ها کار آزمایشگاهی، با تکنیک‌هایی که اینجا یاد می‌گیری می‌تونی در چند ساعت اولیه‌ترین نتایج داکینگ رو به‌دست بیاری و بعد با تحلیل‌های دقیق‌تر، فرضیه‌ات رو تقویت کنی. این مهارت دقیقاً همون چیزیه که خیلی از مقالات امروزی بهش نیاز دارن.
محتوای دوره
شماره
عنوان فصل
تعداد جلسات
مدت زمان
1
بخش اول: هر آنچه برای انجام یک پروژه موفق داکینگ مولکولی باید بدانید
3 جلسه
00:23 ساعت
2
کوئیز اول: سنجش درک مفاهیم بنیادی طراحی محاسباتی دارو
1 جلسه
—
3
بخش دوم: راهنمای کامل نصب و راه‌اندازی تمام نرم‌افزارهای ضروری داکینگ
1 جلسه
00:10 ساعت
4
بخش سوم: انجام داک
داکینگ مولکولی با AutoDock Vina، بالینی و پروژه‌محور
ثبت‌نام با
